Kanal geçişindeki olaylar Bahriye Bakanlığı’na arz edilmiş ve geminin havuzlanması için izin ve ödenek talep edilmişti. Aslında Ertuğrul’un Komutanı, havuz ve onarım masraflarının da olayın sorumlusu olan Kanal İdaresi tarafından karşılanması konusunda da ısrar etmiş, fakat yine kanal talimatına göre, bu gibi olaylarda zararın, olaya neden olan kişilerce tazmin edilmesi gerekli olduğundan, zararın kılavuz tarafından karşılanması durumu ortaya çıkmıştı. Halbuki kılavuzun kanal idaresinden sadece 630 Mısır kuruşu alacağı vardı. Yalnız bu paranın müsadere edilebileceği ifade edildi. Durum Bahriye Bakanlığı’na bildirilmiş, bunun üzerine kazanın tazmininden vazgeçilerek kılavuzun cezaen işinden çıkarttırılmasıyla konunun hukukî safhasına son verilmişti.
Süveyş’te bir havuz vardı. Bu havuzda da o günlerde başından benzer bir kaza geçmiş, bir başka gemi onarım görüyordu. Havuz mühendisliğiyle yapılan görüşmede, Ertuğrul’un yirmi günden evvel havuza alınmasının mümkün olmadığı anlaşılmıştı. Havuzdaki onarım süresi de 15 gün tutacağına göre, olay, geziyi bir aydan fazla bir zaman süresi kadar geciktirmiş olacaktı.
Bu gecikmenin dışında olay, 30 temmuz 1889 günü İstanbul’da duyulduğu zaman türlü türlü yorumlara neden olmuş, dallanıp budaklanmış, geminin çürük bir halde sefere çıkarıldığı iddiaları tekrar canlanmıştı. Saray, Bakanlık ve Ertuğrul arasındaki yazışma trafiği de o oranda artmış ve karşılıklı bir güvensizlik durumunun varlığı sergilenir hale gelmişti.
Kasımpaşa kahveleri de tam anlamıyla şenlenmişti. Hani gemi Japonya’ya gidecekti? Halbuki daha şuracıkta, bir kanalı geçerken bile iki defa kuma oturmuş, dümeni kırılmış, bodoslaması parçalanmıştı... Önündeki Okyanusları, binlerce denizciye mezar olan Japon ve Çin denizlerini, buradaki tayfunları nasıl aşacaktı? Okyanusların bin bir zorluğunu nasıl yenecekti?
O halde geminin geri döndürülmesi düşünülmeliydi...
Dönemin özelliği gereği, olaylar abartılarak yaratılan senaryolar, yapılan yorumlar, oluşturulan fikirler anında Saraya da ulaştırılıyordu. Sarayın da etki altında kalmaması, tereddüde düşmemesi mümkün değildi. Nitekim Mabeyin Başkâtipliği’nden Bahriye Bakanlığı’na gönderilen bir tezkerede olaylar hikaye edildikten sonra; özetle şöyle denilmekteydi:
“...Süveyş’e Erkânı Harbiye Reisi Faik Paşa’nın gitmesi veya seçeceği bir başka ki şinin gönderilmesi ve durumun incelettirilmesi istenmiştir. Ayrıca da havuz işlerinin birkaç ay süreceği, ondan sonra da Okyanuslarda seyrüsefer mevsimi geçmiş olacağından, Albay Osman Bey’in yanına alacağı iki subayla birlikte, bir posta vapuruna binip, padişahın nişan ve hediyelerini Japon imparatoruna sunması kararlaştırılmıştır...”
Bahriye Bakanlığı bu tezkereyi Ertuğrul Komutanına aynen iletti. Tezkere, başa gelen olaylar dolayısıyla, geziden vazgeçilmesi olasılığını ifade ettiğinden, bunun da aylardan beri yapılan hazırlıkların ve katlanılan zahmetlerin heba olması demek olduğundan, gemi personeli üzerinde derin bir teessür ve hüzün yarattı.
Bu hava içinde gemi personeli, komutanları Albay Osman Bey’e; olaylar neticesi doğan onarım ihtiyacının çok mühimsenmemesini, nihayet birkaç günlük iş olduğunun Bahriye Bakanlığı’na arz edilmesi müracaatında bulundular.
Ertuğrul personeline göre; İstanbul’dan durumu incelemek üzere bir heyetin gönderilmesi aylar alacaktı, bu da gereksiz yere süreyi uzatacağından, buralarda kalmak demek olacaktı ve de nihayet heyetin vereceği kararın lehte mi? aleyhte mi olacağı önceden bilinemeyeceğinden, heyetin gönderilmesine ne gerek vardı?
Osman Bey bir yandan resmî raporlarıyla, diğer yandan da kayınpederi Bahriye Bakanı Hasan Hüsnü Paşa’ya yazdığı özel mektuplarıyla, olaylar neticesi meydana gelen zararın çok büyütülmemesi gerektiğini ve personelinin azim ve inancını vurguladı. Bu çabalarının neticesinde de; Bahriye Bakanlığı’ndan;
“... Onarım işleri tamamlandıktan sonra geminin Japonya’ya mı gönderileceği, yoksa öğrencilerin tatbikî bilgilerini artırmak için başka sulara mı gönderileceği hususunun bilahare bildirileceği, öncelikli işin geminin Süveyş’te mükemmel bir şekilde onarılması olduğu, İstanbul’dan gönderilmesi düşünülen heyetin gönderilmesinden de vazgeçildiği, kazanın oluş şeklinin dikkatle incelenmesi ve ne gibi tedbirler alınması gerektiği konusunun da bildirilmesi ve merkezden emir verilinceye kadar Süveyş’te kalınarak onarım işlerine nezaret edilmesi” konularında talimat verildi.
Bahriye Bakanlığı’nın bu talimatıyla hem gemi komutanı olan ve hem de gemi komutanının olaylardaki sorumluluğunu da araştırmaya memur edilen Albay Osman Bey, emri aldığının ertesi günü ikinci görevinin gereğini yaparak, hazırladığı raporu Bahriye Bakanlığı’na arz etti ve : “... Dümen bodoslamasının kırılmayıp eğrilmiş olduğu, bu yüzden gemi personeli tarafından kanaldan çıkarılıp, güverteye alındığı ve geminin havuza girişiyle beraber birkaç gün içinde yerine takılabileceği anlaşıldığından, gereğinin yapılmasına e mir ve müsaade” talep etti.
Bahriye Bakanlığı da Osman Bey’in raporunu Saraya ve Mabeyin’e aynı ifadelerle arz etti. Halbuki gemideki onarım ihtiyacı sadece dümenle ilgili değil, yapılması uzun zaman isteyecek, başta kıç bodoslamanın yenilenmesi dahil diğer onarım ihtiyaçları da vardı. Ama Bahriye Bakanı Hasan Hüsnü Paşa için önemli olan konular; Sarayı tatmin etmek, sonra da Ertuğrul’un komutanını sıkıştırıp onarım işlerini çabuklaştırmaktı.
Ertuğrul, Süveyş’e varışından ancak bir ay sonra havuza girebildi. Onarım işleri de 30 ağustostan 21 eylüle kadar geçen üç hafta sürdü. Ancak arada geçen bu süre içinde Bakanlığın sessiz kalması Sarayı kuşkulandırmıştı. 14 Eylül’de Mabeyin Başkâtipliği’nden Bakanlığa gönderilen bir tezkereyle, Ertuğrul hakkında bilgi istenmekteydi:
“... 24 Ağustos 1889 tarihli tezkerede tebliğ buyrulan iradede, Ertuğrul Firkateyni Hümayunu’nun Süveyş Kanalı’nda duçar olduğu kazadan dolayı düşmüş olan dümeni ve bodoslamasının ahiren bulunarak mezkûr firkateynin müddeti kalile zarfında tamiriyle hareket edebileceği mukaddemce arz edilmiş olduğu halde, zikrolunan firkateynin tamiratı lazımesinin ikmaliyle hareketine dair tarafı mülukâneye elyevm bu güne değin malumat arz kılınmamış olduğundan, mezkûr Firkateynin şimdi hangi sularda bulunduğu, Komutan Osman Bey’in nerede olduğu, gemi bulunduğu mahal den hareket etmemiş ise kaç günde hareket edebileceği ve selametle Japonya’ya gidip gi demeyeceği konularında malumata intizar buyrulmakta olduğunu...”
Kazanın vukuundan bu yana iki aya yakın bir zaman geçmişti. Gemi Komutanı onarım işlerinin birkaç günde yapılabileceğini bildirmişti. Buna göre firkateynin o günlerde Hint veya Japon sularında olması lazım gelirdi. Mabeyin bu nedenle geminin mevkiini soruyordu. Fakat Ertuğrul hâlâ Süveyş’te ve havuzdaydı...
Bahriye Bakanlığı Mabeyin’in bu tezkeresine verebilecek bir cevap bulamadı ve Gemi Komutanını tekrar sıkıştırdı. Alınan cevaptan geminin iki güne kadar havuzdan ineceği öğrenildi. Tekrar bir aksilik çıkması ve havuz işlerinin uzaması olasılığı da dikkate alınarak, Ertuğrul’un havuzdan indiğini bildiren telgraf alınıncaya kadar da suskunluğu korumak yolu tercih edildi. Beklenen telgraf alınınca da Mabeyin’e istenilen bilgi arz edildi: “... 21 Eylül 1889 tarihli tezkere-i maruzada fikateyni mezkûrun bilütfu teala havuzdan çıkarak pazar günü mahalli maksuda müteveccihen kıyama hazır bulunacağı, Komutan Osman Bey tarafından telgrafla bildirilmiş olmakla...”
Bahriye Bakanlığı’nın evvelce lüzum görüldüğü takdirde Ertuğrul’un Japonya seferine gönderilmemesi hususu da emredilmiş olduğundan bu “mahalli maksut” kelimesi sarayı yine tereddüde düşürdü. Mabeyin “Mahalli maksut neresidir?” diye sordu. Bakanlık da “Japonya’dır”, cevabını verdi.
Abdülhamid bu olaylardan, Bakanlığın işler aksi gittiği zaman susmayı tercih ettiğini, bazı olayları gizlediğini ve bunu alışkanlık haline getirdiğini anlamıştı. Bundan böyle aynı şekilde davranmasının önüne geçmek için, Ertuğrul’un her uğrayacağı limana varışını telgrafla bildirmesini, önemli olayları da detayıyla bu telgraflarına ilave etmesini irade etti. Bu iradeden sonradır ki, Bakanlık Ertuğrul’dan aldığı haberleri günü gününe Mabeyin’e arza başladı.