Japonya’da Budizmin, Konfüçyüsçülüğün, Hıristiyanlığın ve onların misyonerlerinin faaliyetleri zaman zaman değişik boyutlarda olmuş ve hatta Japonya’nın dış dünyaya kapanmasında da etkileri olmuştur. Japonya şimdi yeniden dış dünyaya açıldığına göre bu misyonerlerin faaliyetlerini, bıraktıkları yerlerden devam ettirmek isteyecekleri de beklenmeliydi. Zira Japonların Batı kültürünü kabulü ve yaptıkları devrimler meyanında Japon millî dini Şinto’da bazı yeni düzenlemeler yapacakları hakkında niyetlerinin olduğu rivayeti yayılmıştı. Japonların pek eski bir geçmişe sahip olan dinlerinin yerine İslamiyet ve Hıristiyanlık gibi daha yeni ve modern bir dini kabul etmeyi düşündükleri de söylenmekteydi. Yine söylentiler arasında Papa’nın bu imparatorluğu Katolik dünyasına kazandırmak için çoktan harekete geçtiği de vardı. Bu yüzden Osmanlı İmparatorluğu’nun da taze bir enerjiye sahip olan Japon milletini Müslüman dünyasına kazandırmak için harekete geçmesi gerektiğini isteyenler de vardı.
II. Abdülhamid döneminde yayılan bu rivayetlerin, söylentilerin ve isteklerin ne kadar doğru olduğunun kanıtlarını bugün bile bulmak mümkün değildir. Ancak değerlendirilebilen, dinlerinin ve mezheplerinin propagandasını yapmak ve kendilerine yandaş kazanmak amacına yönelik olarak Hıristiyan ve Budist misyonerlerin faaliyetleri arasına, en azından varlığının bir işareti ve tanıtımı olarak, Müslüman dünyasının da isminin girmesi, bu dünya mensuplarını mutlu edecek bir yaklaşım ve hareket tarzı olacaktı. Konuya bu açıdan yaklaşıldığında, bir panislamist hareket aracı olarak değil, fakat Müslüman dünyasının bir temsilcisi ve tanıtıcısı ve Halifenin bir gemisi olarak Ertuğrul’un Japonya gezisi ayrı bir değer taşır.
Japonya’da dışardan gelen ilk din olan Budizm VI. yüzyıldan itibaren Japon halkı arasında yayılmaya başlamıştı. Budizm’in öğretisi için pek çok Japon Çin’e gönderilmişti. Budizm, Çin kültürünü de beraberinde Japonya’ya getirmişti. Hıristiyanlığın gelişi ise XVI. yüzyılda Batılıların Japonya’yı tanımasıyla birlikte olmuştu. Ama Moskova Patrikliği’ne bağlı özerk Japon Ortodoks Kilisesi’nin kuruluşu, Rusların, Orta Asya’ya ve Uzakdoğu’ya yayılmalarından ve Pasifik’e açılmalarından sonraya ve Ertuğrul’un gezisinden kısa bir süre önceye rastlayacaktı.
Olağanüstü kişiliğiyle tanınan Nikolay Kasathin; (1836–1912) ilk Japon Ortodoks Kilisesi’ni kuran ve Başpiskoposu olan bir din adamıydı ve 1870’te azizler listesine alınmıştı. Kurduğu sisteme göre, Japon Ortodoks papazları Tokyo’daki bir Ruhban okulunda eğitim gördükten sonra, kiliselerdeki görevlerine atanıyorlardı. Kilise işlerinin idaresi ve denetimi de din adamlarıyla cemaat üyelerinin oluşturduğu bir meclisin elindeydi.
Japon Ortodoksluğunun kendine özgü, politika dışı bu niteliği, kilisenin 1904-1905 Rus-Japon Savaşı ile Birinci ve İkinci Dünya savaşları gibi çok zor dönemlerde bile varlığını korumasını sağlamıştır.
Bugün bile yaklaşık 40 000 civarında üyesi, Tokyo’da kurucusunun adını taşıyan 1872’de inşa edilmiş Nikolay Katedrali adıyla bilinen görkemli bir katedrali, yine Tokyo ve Kyoto’da temsilcilikleri vardır.
Japonya’ya dışarıdan en son gelen dinî inanış olan Ortodoksluk ve Rus Ortodoks Kilisesi’nin faaliyetlerinin ve gelişmesinin de Sultan/Halife II. Abdülhamid’in dikkatinden kaçtığı söylenemez. Her ne kadar Japonya’da Müslümanlığın gelişmesi için özel bir faaliyet içine girmemişse de, Padişahın Rusların Ortodoksluk hareketlerini Japonya’da da başlatmış olmasına karşın, dünyadaki Müslümanların morallerini sağlam tutmak ve Müslümanların Halifesinin varlığını da Japon halkına göstermek açısından bir hareket yapmasının yararları da inkâr edilemezdi. Ertuğrul Firkateyni’nin gezisi bu açıdan da değerlendirilmeliydi.